本身运输挂靠是属于违规的行为,如果企业有接受别的运输车辆的挂靠,建议企业根据该挂靠车辆实际取得收入进行申报缴税,企业支付给该挂靠车辆的费用,由挂靠方去税务局代开对应发票,企业作为成本入账。
借:主营业务成本—XX成本,
贷:应付账款等。

运输公司的挂靠车辆,需要看发票当时是开的谁的抬头。如果是开的被挂靠公司的抬头,则被挂靠的运输公司计入到固定资产科目核算。如果不是开的被挂靠的运输公司的抬头,则应该当做租赁资产入账,计入到运输公司的成本。
借:主营业务成本-租赁费,
贷:应付账款等。
运输公司账务跟其他企业一样的账务处理,具体的账务处理可以看下会计学堂的快学运输、物流运输,比较系统规范。https://lx.kuaizhang.com/main_457/。
代理运输公司主要提供的是运输,成本可以是运输费。